近未來(lái)的東京，有著一個(gè)為了奪取“最強(qiáng)武器”而建立的兩大組織，以開(kāi)發(fā)最強(qiáng)兵器為目的的導(dǎo)示重工，和通過(guò)操控遺傳因子來(lái)制造優(yōu)秀人類(lèi)的NSWF。他們的共同目的只有一個(gè)，就是得到那個(gè)擁有著最強(qiáng)威力、并且只有通過(guò)被選中的女人才能操縱的終極武器“WITCHBLADE”。地震災(zāi)害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，兩人幸福的生活著，但是，等待著她們的卻是，WITCHBLADE那暗之力的召喚，以及異常殘酷的命運(yùn)……